Không phải tới bây giờ, mới có Quỹ Đổi mới công nghệ quốc gia, mà ngay từ năm 2015, Quỹ đã đi vào hoạt động nhưng phải tạm dừng vào năm 2018, do thiếu hướng dẫn quản lý tài chính đối với hoạt động tín dụng, khiến Quỹ chưa triển khai được hoạt động hỗ trợ tín dụng cho vay ưu đãi, hỗ trợ lãi suất vay, bảo lãnh để vay vốn. Cùng với đó là sự thiếu đồng bộ giữa Luật Ngân sách nhà nước và cơ chế của Quỹ quy định trong Luật Chuyển giao công nghệ, gây ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động của Quỹ.
Suốt quá trình hoạt động của Quỹ, có không ít băn khoăn về việc có cần quỹ dành cho nghiên cứu khoa học do Nhà nước đầu tư nữa không, bởi doanh nghiệp đã có quỹ dành cho khoa học công nghệ? Song, phải khẳng định rằng, các quỹ của doanh nghiệp thường chỉ đầu tư cho những lĩnh vực nghiên cứu gắn với lĩnh vực hoạt động của doanh nghiệp, tập trung vào những đề tài cụ thể, có tính ứng dụng cho hệ sinh thái của doanh nghiệp. Còn quỹ của Nhà nước sẽ hỗ trợ tất cả các lĩnh vực, có những lĩnh vực hiện nay chưa thể ứng dụng nhưng có thể có triển vọng trong tương lai. Hơn nữa, đa phần các doanh nghiệp của Việt Nam còn nhỏ bé về quy mô, doanh số và thị trường, cho nên thường không có đủ nguồn lực tài chính để đầu tư đổi mới công nghệ. Do đó, việc Nhà nước đồng hành với doanh nghiệp sẽ giúp hình thành một lực lượng doanh nghiệp trong nước mạnh về công nghệ và đổi mới sáng tạo, giúp nền kinh tế phát triển bền vững. Vì vậy, việc tạo hành lang pháp lý rõ ràng để Quỹ Đổi mới công nghệ quốc gia tiếp tục hoạt động là điều cần thiết.
Khắc phục hạn chế về vốn điều lệ khiêm tốn, khó đáp ứng được hết đề nghị hỗ trợ của doanh nghiệp, theo Quyết định số 04/2021/QĐ-TTg, vốn điều lệ của Quỹ đã được nâng từ 1.000 tỷ đồng lên 2.000 tỷ đồng. Thế nhưng, để thực sự tạo thuận lợi cho doanh nghiệp tiếp cận nhanh nguồn kinh phí hỗ trợ từ Nhà nước, điều kiện tiên quyết là phải tháo gỡ vướng mắc về thủ tục trong hoạt động hỗ trợ về khoa học công nghệ. Bởi đã từng có trường hợp doanh nghiệp khi nộp hồ sơ, gặp vướng mắc trong xét duyệt dự án hay gặp khó khăn trong giải ngân vốn. Điều đó đòi hỏi Quỹ cần có cơ chế tiếp cận thông thoáng, nhanh gọn, đơn giản trên cơ sở công khai thủ tục, điều kiện, đối tượng cho vay; minh bạch trong tổ chức xét chọn nhiệm vụ, dự án, tránh gây phiền hà, nản lòng cho doanh nghiệp.
Hơn nữa, cần áp dụng cơ chế quỹ với những đặc trưng như vốn điều lệ được bố trí ngay từ đầu năm ngân sách, không phụ thuộc vào danh mục nhiệm vụ đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt. Bên cạnh đó, không thể thiếu hướng dẫn chi tiết về quản lý vốn vay ưu đãi, bảo lãnh vốn vay và hỗ trợ lãi suất vay, huy động nguồn hỗ trợ từ doanh nghiệp, các tổ chức cá nhân, để vừa bảo toàn vốn điều lệ vừa nâng cao năng lực tài trợ cho các doanh nghiệp đổi mới công nghệ